Kenti ikiye ayıran nehrin güney tarafındaki yerleşimi içinde kalan kilise, Liman Caddesi’nin güneyin de yer almaktadır.

Arkeolojik çalışmalarla göre yapıda üç evre gözükmektedir. İlk evrede Roma İmparatorluk döneminden yamuk dörtgen planlı bir yapı olduğu anlaşılmıştır. Diğer iki evrede, Roma İmparatorluk dönemi yapısının çevre duvarları içerisine inşa edilen kilisenin farklı dönem düzenlemelerini göstermektedir. Üç nefli Bazilikal plan şemasına sahip kilise, yamuk dörtgen bir alan içerisine yerleştirilmiştir. Kilise, apsis yarım dairesi de dâhil olmak üzere 32.60×23.60m. ölçülerindedir. Kilisenin naosunda nef ayrımı, stylobatlar üzerinde yükselen sütunlarla sağlanmıştır. Nartheksi olmayan kiliseye giriş, olasılıkla nef eksenlerinde yer alan birer kapı açıklığıyla ve kuzey batısındaki atriumdan sağlanmıştır. Orta nef, doğusunda içten ve dıştan yarım daire formlu bir apsisle sonlanmaktadır. Apsis üzerinde kemerli üç adet pencere yer almaktadır. Merkezdeki pencere, iki kemerli olarak ikiz pencere şeklinde düzenlenmiştir

Güney nefin doğusunda, neften bir kapı açıklığı ile ulaşımı sağlanan yamuk dörtgen planlı mekân bulunmaktadır. Kuzey nefin cephe duvarında ise, kilisenin kuzeybatısında yer alan atriumla bağlantılı kapı açıklıkları yer almaktadır. Güney neften farklı olarak kuzey nefin doğu yarısı batı yarısına göre daha dar tasarlanmıştır. Kuzey nefin doğu yarısının daralmasının sebebi, kilisenin ikinci evresinde gerçekleştirilen düzenlemeler ile açıklanabilir. İkinci evrede kilisenin kuzeyine eklenen kareye yakın planlı, tek apsisli ve üç nefli düzenlemiş bir yapı bulunmaktadır. Anıtsal giriş açıklıklarının kuzeyde yer alması ve yapının kuzeyinde Liman Caddesi gibi bir ana cadde olması nedeniyle kilisenin ilk evresinde atriumun kuzey cephe boyunca yer aldığı düşünülmektedir. Sonraki evrede atriumun doğu yarısına eklenen kareye yakın planlı yapının inşası sırasında kilisenin kuzey nef duvarı olasılıkla iki metre kadar güneye çekilerek kuzey nefin doğu kısmı daraltılmış ve kiliseyle kuzeyindeki yapı arasında geçişi sağlayan kapı açıklıkları yerleştirilmiştir. Atrium ise kilisenin kuzey batı kenarında kalmıştır. Yapının doğusunda ise trikonkhos planlı, olasılıkla su ile alakalı küçük bir mekân bulunmaktadır. Bu nedenler, kilisenin ikinci evresinde, kuzeye inşa edilen bu mekânın önemsenerek inşa edildiğini göstermektedir.