Piskoposluk Kilisesi (2 No’lu Kilise) üç nefli transeptli bazilikal plân şemasındadır. Transept, Bizans mimarisinde bazilikal plân yansıtan yapılarda neflerin ters yönünde uzanan, bemayı kapsayacak şekilde apsis önüne yerleştirilmiş dikdörtgen bir bölümdür. MS 4-6. yüzyıllarda uygulanan transeptli kiliseler Balkanlar ve Akdeniz çevresinde çok sayıda örnekle karşımıza çıkar.

Kilise, Episkopeion içerisindeki en büyük boyutlu yapıdır. Naos doğu-batı yönünde (apsis yarım dairesi dâhil) 34.20 m. uzunluğunda, kuzey-güney yönünde 17.20 genişliğindedir. Transept kuzey-güney yönünde 27.10 m., doğu-batı yönünde 11.35 m. ölçülerindedir. Kilisenin batısında bir nartheks yer alır. Nartheksin girişi, Episkopeionun ana kapısına yakın olacak şekilde güneyden sağlanmıştır. Naosa geçiş her nef ekseninde yer alan birer kapıyla sağlanmıştır. Nef ayrımında karşılıklı sekizer adet sütun kullanıldığı anlaşılmaktadır. T ve L kesitli payeler transeptin kısaltılmış haç biçiminde olduğunu gösterir.

Kilisenin kuzeyinde üç nefli inşa edilmiş vaftizhane bulunur. Vaftizhane 14.40×12.20 m. ölçülerinde (apsis yarım dairesi dâhil) kareye yakın dikdörtgen plânlıdır. Yapı bu ölçüleriyle, Likya Bölgesi’ndeki bilinen örnekler arasında en büyük boyutlu vaftizhanedir. Vaftizhanenin batısında dikdörtgen plânlı bir vestibulum (giriş mekânı) yer alır. Kilisenin nartheksinden geçilen vaftizhane doğusundaki ikinci bir kapı ile kiliseye bağlanır. Yarım daire planlı apsis önünde yer alan vaftiz havuzu haç planlıdır.

Kilise ve vaftizhanenin zemin döşemesinde opus-sectile kullanıldığı tespit edilmiştir. Kilisenin güneyinde yer alan üç yapraklı yonca planlı yapı olasılıkla rölik şapelidir. Rölik şapelinin kuzey eksedra duvarında mandorla içerisinde haç motifi ve güney eksedrasında tavus kuşu tasviri görülür.

Kilise, vaftizhane ve rölik şapeli mimari özellikleri ve tespit edilen buluntulara göre MS 5. yüzyıla tarihlenmektedir. Kazı çalışmalarında bulunan kapı lentosu üzerindeki yazıta göre kilise Meryem Ana’ya adanmıştır.