Güney Kent Merkezi Kilise S6/VI sektöründe, Köprü Caddesi’nin güneyinde, Köprü Caddesiyle, doğu-batı aksta ilerleyen caddenin kesişme noktasında köşede yer almaktadır. Kilisenin batısında Köprü Caddesi kalırken, güneyinde ise limana doğru ilerleyen cadde bulunur.

            Küçük boyutlarda olan kilise, üç nefli bazilikal planda inşa edilmiştir. Kilisenin güney nefi ve güney cephe duvarı, güneyinde cadde olmasından dolayı topoğrafyaya uygun olarak içe doğru daralan bir açıyla inşa edilmiştir. Kilisenin naosu apsis yarım dairesi dâhil olmak üzere 12.90 m. uzunluğunda, naosunun genişliği ise batıda 11.50 m. doğuda 9.70 m. ölçülerindedir.

Kilisenin batısı iki bölümlü nartheks şeklinde düzenlenmiştir. Kilisenin giriş kapıları bu iki bölümlü nartheksten sağlanmaktadır. Batı nartheksin, batısındaki kapı Köprü Caddesi’nden kiliseye girişi sağlamaktadır. Doğu nartheksin güneyindeki kapı ise, kilisenin güneyindeki caddeden girişi sağlamaktadır.

Henüz kazısı yapılmayan kilisenin naosunda güney nef stylobatının bir kısmı ve bir sütun kaidesi görülmektedir. Sütun kaidesiyle birlikte kilisenin naosu içinde bulunan sütun ve sütun başlıklarının parçaları da kilisenin nef ayrımında sütunların kullanıldığını göstermektedir. Naosun batısına doğru ana nef içinde kalan kuzey stylobatın yanında bir su kuyusu bulunmaktadır.